为提高换热效率，防止或减少腐蚀，中央空调的冷却水系统和冷冻水系统都应定期进行清洗，以除去金属表面上的沉积物和杀灭微生物。
对于新建的中央空调，其冷却水和冷冻水系统中的设备在制造加工、运输储存期间会发生腐蚀；带入切削油、防锈油；在安装过程中可能留下碎屑、油类、泥沙和杂质。因此，在投运之前冷却水及冷冻水系统往往也需要清洗。
1、循环水系统的清洗范围：
中央空调循环系统的清洗包括冷却水系统的清洗和冷冻水系统的清洗。
冷却水系统的清洗主要是清洗冷却塔、冷却水管道内壁、冷凝器换热表面等的水垢、生物黏泥、腐蚀产物等沉积物。
冷冻水系统的清洗主要是清除蒸发器换热表面、冷冻水管道内壁、风机盘管内壁和空气调节系统内设备内部的生物黏泥、腐蚀产物等沉积物。
2、清洗方法：
对于中央空调循环水系统设备及管道的清洗而言，可采用物理和化学两种方法来实施。
1）物理清洗
（1）分类 物理清洗只能将循环水系统分成如设备、管道等几个部分清洗。主要清洗方法有用钢丝刷拉刷、用专用刮刀滚刮、高压水射流清洗等。并且这些方法主要适用于水冷式冷凝器和管壳式蒸发器。
用钢丝刷拉刷清洗，适用于水冷式冷凝器和管壳式蒸发器的清洗。将水冷式冷凝器或蒸发器的两端凤盖拆下，用螺旋形钢丝刷塞入换热管内反复拉刷，然后再用略小于换热管内径的圆棒塞进换热管内拉捅，边拉捅边用自来水冲洗。
用专用刮刀滚刮 自制一把专用刮刀，一端接在软轴上，另一端接在电动机轴上，将水冷式冷凝器或管壳式蒸发器两端风盖拆下，将专用刮刀插入换热管内，开动电动机，使专用刮刀在管内边滚边刮，并用自来水冲洗，使刮下的水垢和其他沉积物随压力水冲掉。
高压水射流清洗 此方法还可用于清洗管道等设备。在清洗换热器时，须将换热器两端封头拆下，用高压水枪逐根清洗换热管。对于管道，则可采用有挠性枪头的高压水射流清洗。
对于空冷式冷凝器，可采用刷洗和吹除法进行清洗。刷洗法适用毛刷蘸70摄氏度左右的温水进行洗刷。当冷凝器外表附着油污时，可在温水中加适量的碱或洗洁精等。清洗完毕后，用自来水冲淋。吹除法是利用空气压缩机产生压缩空气（0.4--0.6MPa）将冷凝器外表的附着物吹除，同时也可用毛刷等清洗。利用吹除法清洗冷凝器时，应注意保护翅片、换热管等，不可硬物敲击。

2）化学清洗
化学清洗是通过化学药剂的作用，使被清洗设备中的沉积物溶解、疏松、脱落或剥离的一类方法。化学清洗也常用物理清洗相配合使用。
（1）分类 人们往往从不同的角度对中央空调的水系统的化学清洗进行分类
a 按清洗方式，中央空调的水系统的化学清洗可分为循环法和浸泡法。
循环法是一种使用最为广泛的方法。利用临时清洗槽等方法，使清洗设备形成一个闭合回路，清洗液不断循环，沉积层等不断受到新鲜清洗液的化学作用和冲刷作用而溶解和脱落。
浸泡法适用于一些小型设备和被沉积物堵死、而无法将清洗液进行循环的设备。
b 根据使用的清洗剂，中央空调水系统的化学清洗可分为碱洗、酸性、杀菌灭藻
c 按清洗的对象，中央空调水系统的化学清洗可分为单台设备清洗和全系统清洗。
d 按是否停机，中央空调水系统的化学清洗可分为停机清洗和不停机清洗。
不停机清洗指的是清洗液循环过程中，制冷机组仍处于开机状态，清洗液作为冷却水或冷冻水，在空调系统内部管线中循环。